Reanudación de la epidemia de Covid: por qué las variantes Omicron BA.4 y BA.5 están ganando Francia

Olvidada por los medios durante varias semanas, la epidemia de Covid vuelve a ser noticia con las variantes BA.4 y BA.5 instalándose en Francia, con más de 100 casos positivos por día a principios de julio. Especialistas en epidemiología y evolución de enfermedades infecciosas de la unidad “Enfermedades infecciosas y vectores: Ecología, Genética, Evolución y Control” (Universidad de Montpellier, CNRS, IRD), Mircea Sofonea, docente, y Samuel Alizon, director de investigación, descifran el situación en Francia. ¿Qué podemos decir de estas variantes? ¿Conducirán a una nueva ola este verano?

La conversación: la variante Omicron, que se ha convertido en la mayoría en todo el mundo, continúa extendiéndose y evolucionando. Pero sus nuevos avatares ahora se designan como BA.1, BA.2, luego BA.4 y BA.5... ¿Cómo orientarse?

Samuel Alizon: De hecho, ¡hay suficiente para perderse en esta abundancia de nomenclaturas! Las letras griegas fueron introducidas por la Organización Mundial de la Salud (OMS) en 2021 con la variante Alpha. Esta es probablemente la peor clasificación, porque se desarrolló sin tener en cuenta la biología evolutiva. Esos de Pango ou siguienteclado son mucho más adecuados. Es más, la OMS parece haber dejado de actualizar y agrupa bajo el término genérico de Omicron todas las variantes del tipo BA.

Modelamos la circulación de líneas variantes en Francia en un trabajo reciente (ver arriba) y la primera ola de Omicron causada por el linaje BA.1 surge a fines de 2021. Esto fue suplantado rápidamente por el linaje BA.2, que provocó una segunda ola hospitalaria en abril de 2022. Ahora estos son los BA. 4 y BA.5 líneas que tienen prioridad.

Mircea T. Sofonea: Estos linajes fueron identificados en mayo, pero probablemente habrían surgido durante el mes de diciembre de 2021 en Sudáfrica, potencialmente de BA.2, el linaje mayoritario en Francia desde marzo de 2022.

Si bien la variante BA.2 era tan diferente de BA.1 como la variante Delta de la variante Alfa, la divergencia evolutiva entre BA.4 y BA.5 es más limitada.

Sin embargo, incluso si el número de nuevas mutaciones es limitado, algunas son un desafío. Así, se sabe que la mutación 452R de la proteína Spike confiere mayor afinidad con el receptor ACE2 humano, utilizado por el virus para entrar en nuestras células. La mutación 486V, todavía en la proteína Spike, le da al virus una capacidad bastante alta para la evasión inmune.

Sin embargo, se debe tener cuidado con el razonamiento por analogía aplicado a mutaciones aisladas. Porque el efecto de este último no es ni absoluto ni acumulativo; depende de todo el genotipo, con potenciales fenómenos sinérgicos y antagónicos, incluso para posiciones distantes en el genoma (hablamos de epistasis).

 

TC: ¿Estas mutaciones son innovaciones de estas variantes, o BA.4 y BA.5 se "sumergen" en todas las posibilidades que probaron sus predecesores: Delta, Gamma, Beta, Alpha?

MTS: Recuerda que Omicron no es descendiente de variantes anteriores, sino un primo lejano, y que los virus no mutan de forma voluntaria o dirigida. Las mutaciones detectadas en el genoma de una nueva línea aparecieron por casualidad.

La mutación 452R no estaba presente en las líneas BA.1 o BA.2, pero se encontró en la variante Delta. También es una de las tres mutaciones buscadas en las pruebas de detección que se realizan actualmente en todas las pruebas de PCR positivas en Francia.

La mutación 486V no está asociada con ninguno de los linajes que circulan dentro de nuestra especie, pero las llamadas experiencias de exploración mutacional profunda, que consiste en generar proteínas con mutaciones, lo había identificado como potencialmente involucrado en el escape a la inmunidad.

 

SU : En cuanto a las diferencias entre variantes, intervienen dos mecanismos genéticos: mutaciones y recombinación. Este último permite una mezcla de porciones enteras del genoma cuando dos virus de diferentes linajes "coinfectan" al mismo huésped.

A nivel biológico coexisten varias hipótesis para explicar la aparición de variantes: aumento de la circulación en una población, afectación de un reservorio animal o infecciones crónicas en individuos inmunocomprometidos. De hecho, estos últimos no logran eliminar el virus, lo que provoca infecciones más prolongadas y letales. Una prepublicación (por lo tanto, debe tomarse con cautela, ya que aún no ha sido revisada por pares) de un equipo de Nueva York describe así la evolución intrapaciente de un virus BA.1 con la acumulación de mutaciones clave y, sobre todo , su transmisión a por lo menos otras cinco personas.

En el caso de BA.4 o BA.5, como sus diferencias con BA.2 son bastante limitadas, solo podrían ser mutaciones fijadas a medida que circula el virus.

TC: ¿Por qué se están extendiendo ahora BA.4 y BA.5 en Francia?

SU : Uno puede estimar fácilmente una ventaja de crecimiento de una línea sobre otra en una población. Según nuestro equipo, el de BA.5 ronda el 9% en Francia en comparación con BA.2.

Por otro lado, es complicado saber de dónde viene esta ventaja. ¿BA.5 se propaga más porque es más contagioso? ¿O porque escapa mejor a la inmunidad? A prepublicación por un equipo japonés y una publicación por un equipo chino resaltar el papel del escape inmune, en particular a través de la mutación 486V.

Cualquiera que sea el origen de esta ventaja, puede contribuir a un repunte epidémico en Francia.

Otra novedad: gracias al trabajo de los equipos @cerbaresearch, tenemos suficiente #secuencias #EMERGEN funcionar bien a un nivel más fino que las proyecciones.

**Atención**, las pruebas A0B9C1D1 están más secuenciadas y, por lo tanto, sobrerrepresentadas, excepto los lunes (fechas pico).

14 / N pic.twitter.com/0H4KNKAOls

- ETE Fr (@ete_fr) 8 de junio de 2022

MTS: Un segundo mecanismo también está funcionando en Francia: la inmunidad anti-SARS-CoV-2, esencialmente híbrida, es decir, tanto posvacunal como posinfecciosa, disminuye con el tiempo desde el último evento inmunogénico (ya sea infección o vacunación). .

Si la protección conferida por una infección Omicron o un 3^e la dosis de vacuna sigue siendo significativa después de cinco meses frente a una forma grave, por otro lado, es muy reducida frente a cualquier infección. La susceptibilidad de la población al virus (es decir, la contrapartida de la inmunidad colectiva), se reconstituye por lo tanto en el tiempo, abriendo finalmente la posibilidad de una reanudación epidémica.

En resumen, BA.4 y BA.5 se propagan a medida que nuestra inmunidad envejece, y lo hacen más rápido que BA.2, porque tienen la doble ventaja de contagio y escape inmunológico. Por lo tanto, BA.4 y BA.5 inducen una onda antes de lo que lo habría hecho BA.2.

TC: La situación en Portugal podría haber causado preocupación. Pero, ¿podemos aprender de las tendencias observadas en otros países?

MTS: Tengo mis reservas sobre las comparaciones entre países: son cada vez más delicadas, porque la circulación actual depende, además de las medidas sanitarias, de la historia epidemiológica e inmunológica, cada vez más diferenciada según el país.

A nivel de Francia, aún es difícil comparar cuantitativamente la relajación de las medidas que contribuyen a la recuperación y el contexto estival que la limita, con días más largos y cálidos que favorecen las interacciones sociales en un entorno abierto.

SU : Portugal es uno de los países europeos donde la ola BA.4/BA.5 es más avanzada y va acompañada de un aumento de las hospitalizaciones. Es complicado saber por qué comenzó allí tan temprano, pero, como todos los comienzos de epidemias, el El papel de los eventos aleatorios del tipo “superpropagación” probablemente tenga mucho que ver en ello..

A nivel mundial, en Sudáfrica, la ola BA.4/BA.5 parece estar en declive. En los Estados Unidos, por otro lado, BA.2 fue reemplazado por primera vez por el linaje BA.2.12, pero este parece estar siendo reemplazado por BA.5.

 

TC: ¿Podemos anticipar las consecuencias de estos reemplazos entre variantes en futuros picos epidémicos?

SU : En 2021, en Francia, una nueva variante reemplazó a las antiguas, porque era más contagiosa. Desde diciembre de 2021, es más bien la evasión inmune la que marca el camino.

Esto hace que el modelado de escenarios sea complicado. los modelos de nuestro equipo, a partir de los deInstituto Pasteur o deInstituto Pierre Louis de Epidemiología y Salud Pública Ya se tomaron en cuenta las coberturas de vacunación en la población y el porcentaje de personas que tenían una infección natural.

Por otro lado, incluir el tiempo transcurrido desde la última vacunación o infección natural es un desafío, porque, después de dos años de pandemia, dos campañas de vacunación y una gran ola de BA.1, ¡todos tienen una inmunidad diferente!

MTS: Hemos desarrollado herramientas para tener en cuenta esta heterogeneidad de la inmunidad en las poblaciones. Dadas nuestras limitaciones, actualmente nos estamos enfocando en el largo plazo, pero, en teoría, debería ser posible utilizar este marco para explorar escenarios prospectivos a corto plazo.

Por el momento, es difícil decir cuál será la magnitud exacta de la nueva ola epidémica que se inicia. Esta ola, en el sentido genético o virológico, ya está muy avanzada y probablemente el BA.5 sea mayoritario para el 20 de junio. Si podemos contar con el verano para reducir la incidencia en comparación con el invierno, no evitará por sí solo una ola de contaminación. Como recordatorio, uno de los picos de tráfico en Francia sigue siendo agosto de 2020, y el 4^e wave (de Delta) alcanzó su punto máximo en julio de 2021.

Samuel alizon, Director de Investigación en CNRS, Instituto de Investigación para el Desarrollo (IRD) et Mircea T. Sofonea, Profesor de epidemiología y evolución de enfermedades infecciosas, laboratorio MIVEGEC, Universidad de Montpellier

Este artículo ha sido publicado de nuevo. La conversación bajo licencia Creative Commons. Lee elarticulo original.

Crédito de la imagen: Shutterstock.com/Oliverouge 3